L'histoire ancienne et contemporaine de Saint-Joseph-de-la-Rive est intimement liée à la topographie même de Charlevoix. À l'ouest, le plateau Laurentien correspond à un arrière-pays fort éloigné du fleuve et séparé de celui-ci par la plaine côtière. En Charlevoix, les montagnes du plateau, tout en gagnant en altitude et en relief, se rapprochent du fleuve à un tel point que, par endroits, le piémont y baigne directement sans autre transition. Saint-Joseph-de-la-Rive se situe en contrebas du piémont et n'occupe qu'une étroite terrasse serrée entre l'escarpement et le fleuve. Cette situation singulière aura des répercussions non seulement sur le paysage naturel mais aussi sur la vocation des lieux, sur certains éléments de l'architecture et même, quoique dans une mesure moindre, sur le climat local.
De plus, à Saint-Joseph-de-la-Rive, le cap Saint-Joseph, une pointe de terre qui franchit la batture relativement large à cet endroit, réduit considérablement la distance entre la terre ferme et les eaux profondes et rend ainsi l'endroit propice à l'accostage des bateaux. Le cap Saint-Joseph crée deux baies: la prairie marine, à l'ouest, et la baie des Éboulements, à l'est. Cette dernière, qui constitue un renforcement bien abrité des vents froids, accueille le coeur du village. Enfin, au creux de la baie, débouche dans le fleuve la rivière des Boudreault, un cours d'eau de faible débit mais au dénivelé important qui a contribué à faire de Saint-Joseph-de-la-Rive un lieu propice à l'implantation humaine.
